初登場：第1話

[ワクチン種・恐竜型]
甲虫のような殻に覆われた頭部が特徴的な恐竜型デジモン。必殺技は口から超高熱火炎を吐き出し全てを焼き払う『メガフレイム』。

初登場：第10話

[ワクチン種・サイボーグ型]
体の半分以上を機械化しているサイボーグ型デジモン。メタルグレイモンの攻撃力は核弾頭一発分に匹敵するといわれ、その一撃を受けるとレベルの低いデジモンなどは跡形も残さず消滅する。必殺技は『トライデントアーム』と、胸の部分にあるハッチから有機体系ミサイルを発射する『ギガデストロイヤー』。

初登場：第30話

[ワクチン種・竜人型]
超金属「クロンデジゾイド」の鎧を身にまとった最強の竜戦士であり、グレイモン系デジモンの究極形態である。必殺技は大気中に存在する、全てのエネルギーを１点に集中させて放つ、超高密度の高熱エネルギー弾『ガイアフォース』。

初登場：第36話

[ウィルス種・サイボーグ型]
グレイモン系デジモンの究極形態であり、電流火器が備わったウォーグレイモンの亜種。どっしりとした格闘戦に電撃を加え、強固なものであっても両腕の『プラズマステーク』から電撃を流し込み内側から破壊する。 背中の『サンダーバーニア』を前方に転回して雷を撃ち、背面へ放出すれば自身の推進力増量にも活用できる。さらにプラズマ粒子を周囲に展開しバリアを形成する『エレックガード』を持つ。

初登場：第2話

[ワクチン種・聖騎士型]
ウォーグレイモン + メタルガルルモン

ウォーグレイモン、メタルガルルモンが、善を望む人々の強い意志によって融合した聖騎士型デジモン。 必殺技は、メタルガルルモンの形をした大砲から打ち出される絶対零度の冷気弾で敵を凍結させる『ガルルキャノン』。左腕にはウォーグレイモンの形をした無敵の剣『グレイソード』が装備されている。

初登場：第2話

[ワクチン種・獣型]
狼のような姿をした獣型デジモン。必殺技は口から吐き出す高熱の青い炎『フォックスファイアー』。

初登場：第11話

[ワクチン種・獣人型]
ガルルモンが進化して二足歩行が出来るようになった獣人型デジモン。ガルルモン譲りの脚力から繰り出されるキック技は強烈で、ジャンプ力もデジモンの中では１・２を争うほど。必殺技は両腕の鋭い鍵爪で相手を切り裂く『カイザーネイル』。

初登場：第45話

[データ・サイボーグ型]
ほぼ全身をメタル化することでパワーアップした、ガルルモンの最終形態。必殺技は全ての物を氷結させてしまう絶対零度の冷気を吐き出す『コキュートスブレス』。

初登場：第56話

[データ・獣騎士型]
攻撃を跳ね返す黄金のクロンデジゾイト製の装甲を身に纏い、『黄獣偃月刀』を武器に持ち剣劇を得意とする。 全身を回転させて刃にしながら敵を襲う『獣狼大回転』、また黄獣偃月刀を氷で無数に形作り敵に飛ばす『激・氷月牙』を技として繰り出す。

初登場：第2話

[ワクチン種・聖騎士型]
ウォーグレイモン + メタルガルルモン

ウォーグレイモン、メタルガルルモンが、善を望む人々の強い意志によって融合した聖騎士型デジモン。 必殺技は、メタルガルルモンの形をした大砲から打ち出される絶対零度の冷気弾で敵を凍結させる『ガルルキャノン』。左腕にはウォーグレイモンの形をした無敵の剣『グレイソード』が装備されている。

初登場：第5話

[ワクチン種・昆虫型]
大きな翼を４つ持つ昆虫型デジモン。蟻のようなパワーと甲虫が持つ完璧な防御能力を併せ持っている。頭部は金属化しており、鉄壁の防御を誇る。必殺技は『メガブラスター』。

初登場：第14話

[ワクチン種・昆虫型]
カブテリモンの進化型種。サイズは約１.５倍と、昆虫型の中でもかなり大きい。必殺技は巨大な角を敵に突き刺す『ホーンバスター』。

初登場：第59話

[ワクチン種・昆虫型]
究極の昆虫型デジモン。必殺技は「メガブラスター」の強化版『ギガブラスター』。この技を受け消滅しない者は存在しない。

初登場：第4話

[ワクチン種・巨鳥型]
燃え盛る炎を纏った姿をした、巨鳥型デジモン。その巨大な翼を羽ばたかせ、大空を飛びまわる。必殺技は翼を羽ばたかせ流星のように羽を飛ばす『メテオウィング』。

初登場：第13話

[ワクチン種・鳥人型]
大空を自在に舞うことのできる翼と、巨大な鉤爪を持つ鳥人型デジモン。必殺技は超速で真空刃を繰り出し、敵を切り刻む『シャドーウィング』。

初登場：第52話

[ワクチン種・聖獣型]
黄金色に輝く４枚の翼を持った聖なるデジモン。全ての鳥型デジモンの長であり、神聖系デジモンを統べるものと言われている。必殺技は神々しい４枚の羽を羽ばたかせて黄金色の粒子を降り注ぐ『スターライトエクスプロージョン』。この技を受けると、全ての悪は浄化されるという。

初登場：第7話

[ワクチン種・海獣型]
分厚い毛皮と頑丈な体を持つ海獣デジモン。戦闘時はライオンに似た堂々とした吠え声で相手を威嚇する。必殺技は再生可能な角を射出する『ハープーンバルカン』。

初登場：第15話

[ワクチン種・海獣型]
イッカクモンが更に進化し二足歩行が可能になったパワー型デジモン。必殺技はトールハンマーを振り降ろした時に生じる衝撃波や火花を相手にぶつける『ハンマースパーク』。

初登場：第60話

[フリー種・獣人型]
獣人型の究極体デジモン。体毛は氷の結晶の様に変化しており、クロンデジゾイド並みの硬度を持つと言われている。背中に背負っているモーニングスター「ミョルニル」は一振りで山を消滅させることができ、空間そのものを歪めてしまう。必殺技の『アークティックブリザード』は周囲の大気を瞬間的に絶対零度にし、敵を急速冷凍させ、「ミョルニル」で打ち砕いてしまう。

初登場：第6話

[データ種・植物型]
巨大なサボテンの姿をした植物型デジモン。必殺技は腕先のトゲを更に硬質化させてバンバン殴る『チクチクバンバン』。

初登場：第43話

[フリー種・ゴースト型]
デジモンに異変を起こす音響攻撃により、イレギュラーな進化が起こり導かれた姿。得意技はメキシカンハットについているマラカスで、相手をリズムにのせながら殴打する『ブラッドダンス・マラカスバージョン』と、皮を巻きつけた拳で相手の顔面に一発だけパンチを叩き込み、その破壊力で相手を倒す『テキーラナックル』。

初登場：第12話

[データ種・妖精型]
美しく咲いた花弁から生まれた妖精型デジモン。見た目は人間の子供のような姿をしているが、計り知れないパワーを秘めている完全体のデジモンである。必殺技は両腕を前に突き出し、手首の花弁を銃口にして、エネルギー弾を撃ち出す『フラウカノン』。

初登場：第55話

[データ種・妖精型]
草花の女王と呼ばれる薔薇の様な姿をした妖精型デジモン。必殺技は電気を帯びた棘の鞭でどんなに狂暴なデジモンでも手なずけてしまう『ソーンウィップ』。この技を受けたものは、身も心もロゼモンの虜になってしまうと言われている。また、鞭の切っ先で敵を仕留める『ローゼスレイピア』。

初登場：第20話

[ワクチン種・天使型]
光り輝く６枚の翼と、神々しいまでの純白の衣を身に纏った天使デジモン。完全なる善の存在であり、幸福をもたらすデジモンと呼ばれている。必殺技は黄金に輝く拳で相手を攻撃する『ヘブンズナックル』。

初登場：第32話

[フリー種・聖獣型]
パタモンがエンジェモンに進化する力を失うも、タケルと共に戦うため新たな進化を導いた姿。必殺技は後ろ足で強烈な一撃を繰り出す『ロデオギャロップ』と額から聖なる光線を放つ『シルバーブレイズ』。

初登場：第46話

[ワクチン種・大天使型]
輝く８枚の銀翼を持った大天使型デジモン。戦闘形態時には左腕のビームシールドと右腕に装備された聖剣エクスキャリバーで戦う。必殺技は二度と戻ることはできない亜空間への扉を出現させて敵を葬り去る『ヘブンズゲート』。

初登場：第50話

[ワクチン種・聖竜型]
６枚の硬質化した羽を持ち、体は黄金色に輝いている神龍型デジモン。腕には聖なるデジモンの証、ホーリーリングを付けているところから神聖系デジモンの一種と考えられている。

初登場：第64話

[ワクチン種・熾天使型]
白銀に輝く聖なる鎧に身を包み１０枚の黄金色の翼を持つ、熾天使型デジモン。必殺技は７つの超熱光球を相手に放つ『セブンヘブンズ』と、自らの命と引換えにビッグバンを起こす最大奥義『テスタメント』。

初登場：第35話

[ワクチン種・大天使型]
美しい女性の姿をした大天使型デジモン。必殺技の強力な雷撃『ホーリーアロー』また、美しさと優しさの詰まった必殺光線『ヘブンズチャーム』は、デジモンの悪しき力が強いほど効果を発揮する。

初登場：第50話

[ワクチン種・聖竜型]
神獣デジモンの究極の形態。その雄々しい姿は空の王者を思わせる。その姿を見た者は少なく、普段はどこにいるのかさえ全く判明していない。必殺技は全ての正義の光エネルギーを相手にぶつける『ホーリーフレイム』。

初登場：第64話

[ワクチン種・座天使型]
座天使型デジモン。必殺技は『エデンズジャベリン』と、『セフィロートクリスタル』。